Livros e Publicações Relevantes sobre Angiospermas da Mata Atlântica em SP, Notas de aula de Botânica

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EMENTAS DAS DISCIPLINAS

DISCIPLINAS BMA

COMUNS ÀS DUAS ÁREAS

Página 2

DISCIPLINAS PAF

ÁREA DE PLANTAS AVASCULARES E

FUNGOS

Página 35

DISCIPLINAS PVA

ÁREA DE PLANTAS VASCULARES

Página 48

DISCIPLINAS BMA - COMUNS ÀS

DUAS ÁREAS

BMA 05 - TÓPICOS ESPECIAIS EM BIODIVERSIDADE E CONSERVAÇÃO DE AMBIENTES

NATURAIS

PROFESSOR RESPONSÁVEL

Coordenação do Programa: Dra. Celia Leite Sant’Anna Carga Horária Teórica (por semana) Prática (por semana) Estudos (por semana) Duração Total Créditos A definir de acordo com cada disciplina 30 horas (mínimo)

(mínimo) EMENTA Tópicos Especiais em Biodiversidade e Conservação de Ambientes Naturais abordam aspectos de interesse de discentes das duas áreas do Programa (PAF e PVA), bem como disciplinas oferecidas por professores colaboradores, nacionais e do exterior, especialmente convidados, visando a fornecer conhecimentos teóricos sobre aspectos da biodiversidade e da conservação de recursos e ambientes naturais não abordados no elenco de disciplinas ofertadas pelo Curso. PROGRAMA RESUMIDO A ser definido, em cada caso, pelo professor responsável. BIBLIOGRAFIA BÁSICA A ser definida em cada caso pelo professor responsável. OBSERVAÇÃO Seguem na sequência as ementas, programas resumidos e bibliografia básica das disciplinas aprovadas pelo Conselho do curso de Pós-Graduação para serem ministradas como Tópicos Especiais.

BMA 08 - FUNDAMENTOS TEÓRICOS E APLICAÇÕES DA BIOLOGIA MOLECULAR

PROFESSOR RESPONSÁVEL:

Dra. Marília Gaspar COLABORADORES: Dr. Júlio Cezar Franco de Oliveira (UNIFESP) Carga Horária Teórica (por semana) Prática (por semana) Estudos (por semana) Duração Total Créditos 15h 0h 15h 3 semanas 90 horas 6 EMENTA Esta disciplina teórico-prática tem por objetivo introduzir os conceitos fundamentais da genética molecular e as técnicas básicas de biologia molecular, além de promover a discussão sobre alguns assuntos de atualidade na área, como transgênicos, biossegurança, clonagem, projetos genoma. Algumas aulas terão um enfoque mais aplicado, mostrando de que forma a biologia molecular pode ser uma ferramenta para os estudos de diversidade e para o entendimento das respostas aos estresses bióticos e abióticos. REQUISITOS Computador e acesso à internet (A disciplina será oferecida totalmente on line) PROGRAMA RESUMIDO

1. Histórico da Biologia Molecular 2. Bases do DNA, RNA e proteínas: estrutura e características, organização, replicação, transcrição e tradução 3. Introdução às técnicas básicas de biologia molecular: purificação de ácidos nucléicos, digestão do DNA com enzimas de restrição, clonagem em vetores, transformação de bactérias, eletroforese, entre outras 4. Reação de Polimerase em Cadeia (PCR): definição, etapas, condições, aplicações, tecnologias baseadas na PCR 5. Marcadores Moleculares e aplicações em estimativa de biodiversidade e filogenia 6. A evolução das técnicas de expressão gênica: do northern blot ao transcritoma 7. Sequenciamento de genes e genomas 8. Epigenética 9. Plantas transgênicas: aspectos técnicos e aplicações 10. OGMs: rotulagem, regulamentação, usos e riscos para a saúde e o meio ambiente

BMA 10 – ÍNDICES DE DIVERSIDADE E ANÁLISE DE ESTRUTURA DE COMUNIDADES

PROFESSOR RESPONSÁVEL

Prof. Dr. Décio Luis Semensatto Junior Carga Horária Teórica (por semana) Prática (por semana) Estudos (por semana) Duração Total Créditos 20h 20h 5h 1 semana 45 horas 3 EMENTA A disciplina visa capacitar os alunos no planejamento e execução de análises de estruturas de comunidades empregando índices de diversidade. Abrangerá: conceitos fundamentais de ecologia de comunidades; abundância e riqueza de espécies; índices de diversidade; índices de similaridade aplicados a comunidades; Análise Hierárquica de Cluster (AHC) e introdução à utilização de softwares para análise de estrutura de comunidades. PROGRAMA RESUMIDO

1. Conceitos fundamentais de Ecologia de Comunidades;
2. Padrões de distribuição de abundâncias;
3. Índice alfa-Fisher (α);
4. Índice de Simpson (S);
5. Equitatividade de Simpson (E);
6. Índice de Shannon (H’);
7. Equitatividade de Pielou (J’);
8. Índice de McIntosh (D);
9. Equitividade de McIntosh (E);
10. Índice de Brillouin (B);
11. Índices de similaridade para comparação de comunidades (Jaccard, Dice-Sorensen e Bray-Curtis);
12. Análise Hierárquica de Cluster (AHC ou HCA) aplicada à análise de comunidades;
13. Diversidade beta;
14. Introdução ao software PAST e ao uso do Excel para execução de cálculos.
15. Exercícios práticos. BIBLIOGRAFIA BÁSICA Begon, M.; Townsend, C.R.; Harper, J.L. Ecology: from individuals to ecosystems. 4th ed. Oxford: Blackwell Publishing, 2006, 738p. Krebs, C.J. Ecology: the experimental analysis of distribution and abundance. 4th ed. New York: Harper Collins College Publishers, 1994, 801p. Krebs, C.J. Ecological Methodology. 2nd ed., Addison-Wesley Educational Publishers, Inc., 1999, 620 p. Magurran, A.E. Measuring Biological Diversity. Blackwell Publishing, Oxford, UK. 2004. 256 p.

Mcintosh, R.P. An index of diversity and the relations of certain concepts of diversity. Ecology, v. 48, p. 392-404, 1967. Pielou, E. C. An Introduction to Mathematical Ecology. New York: Wiley-Interscience,

1969. 286 p. Pinto-Coelho, R.M. Fundamentos em Ecologia. Porto Alegre: Artmed Editora, 2000. 252p.

BIBLIOGRAFIA BÁSICA

Albuquerque, UP; Lucena, RFP; Cunha, LVFC. 2008. Métodos e técnicas na pesquisa etnobotânica (2a. Ed.). Recife: Cominigraf, 323p. Altieri, M. 2009. Agroecologia: a dinâmica produtiva da agricultura sustentável. 5.ed. Porto Alegre: Editora da UFRGS. 120p. Altieri, M. 2012. Agroecologia: bases científicas para uma agricultura sustentável. São Paulo: Expressão Popular. 400p. Alves, A.F.; Carrijo, B.R.; Candiotto, L.Z.P. 2008. Desenvolvimento territorial e agroecologia. São Paulo: Expressão Popular, 256p. Arruda, M. 2009. Educação para uma economia do amor: educação da práxis e economia solidária. Aparecida, SP: Idéias & Letras, 344p. Diegues, AC. 2000. Etnoconservação: novos rumos para a proteção da natureza nos trópicos. São Paulo: Hucitec, Diegues, AC; Viana, VM. 2004. Comunidades tradicionais e manejo dos recursos naturais da Mata Atlântica. São Paulo: NUPAUB, Ehlers, E. 1996. Agricultura sustentável: origens e perspectivas de um novo paradigma. São Paulo: Livros da Terra. 178p. Freire, P. 1975. Extensão ou comunicação. 2ª Ed. Rio de Janeiro: Editora Paz e Terra, 93p. Kishi SAS; Kleba, JB. 2009. Dilemas do acesso a biodiversidade e aos conhecimentos tradicionais - direito, política e sociedade. Belo Horizonte: Fórum, 329p. Machado, L.C.P.; Machado Filho, L.C.P. 2014. A dialética da agroecologia: contribuição para um mundo com alimentos sem veneno. São Paulo: Expressão Popular, 360p. Marques, J.F.; Skorupa, L.A.; Ferraz, J.M.G. Indicadores de sustentabilidade em agroecossistemas. Jaguariúna: Embrapa, 281p. May, P.H.; Lustosa, M.C.; Vinha, V. (Orgs.). 2003. Economia do Meio Ambiente: teoria e prática. Rio de Janeiro: Elsevier, 318p. Ming, L.C.; Amorozo, M.C.M.; Kffuri, C.W. (Orgs.). 2010. Agrobiodiversidade no Brasil: experiências e caminhos da pesquisa. 308p. Moran, EF; Ostrom, E. 2009. Ecossistemas florestais: Interação homem-ambiente. Trad. Alves, DS; Batistela, M. São Paulo: Editora Senac: Edusp. 544p. Padua, JA. 2009. Desenvolvimento justiça e meio ambiente. Belo Horizonte: UFMG, 325p. Sachs, I; Vieira, PF (org.). 2007. Rumo a ecossocioeconomia: teoria e pratica do desenvolvimento. São Paulo: Cortez, 472p. Sauer, S.; Balestro, M.V. 2009. Agroecologia e os desafios da transição agroecológica. São Paulo: Expressão Popular, 328p. Schmitz, H. 2010. Agricultura familiar: extensão rural e pesquisa participativa. São Paulo: Annablume, 352p. Shiva, V. 2003. Monoculturas da mente: perspectivas da biodiversidade e da biotecnologia. São Paulo: Editora Gaia, 240p. Silva, V.A.; Almeida, A.L.S.; Albuquerque, UP. 2010. Etnobiologia e etnoecologia: pessoas & natureza na América Latina. Recife: NUPEEA, 382p. Singer, P. 2002. Introdução a economia solidaria. São Paulo: Fundação Perseu Abramo, Steenbock, W.; Silva, L.C.; Silva, R.O.; Rodrigues, A.S.; Perez-Cassarino, J.; Fonini, R.

2013. Agroflorestas, ecologia e sociedade. Curitiba: Kairós, 422p.

Steenbock, W.; Vezzani, F.M. 2013. Agrofloresta: aprendendo a produzir com a natureza. Curitiba, 148p. Thiolent, M. 2007. Metodologia da pesquisa-ação (15ª edição). São Paulo. Cortez. 132p.

Karban, R., and I. T. Baldwin. 1997. Induced Responses to Herbivory. University of Chicago Press, Chicago. Herrmann, A., 2010. The Chemistry and Biology of Volatiles. Wiley, Chichester.

BMA 22 – CARACTERIZAÇÃO DO AMBIENTE FÍSICO - SOLOS

PROFESSOR RESPONSÁVEL:

Dra. Márcia Inês Martin Silveira Lopes Carga Horária Teórica (por semana) Prática (por semana) Estudos (por semana) Duração Total Créditos 5h 3h 2h 9 semanas 90 horas 6 EMENTA Por meio de aulas teóricas e práticas de campo e de laboratório, apresentar os principais indicadores de qualidade do solo de áreas com vegetação natural, bem como, os principais métodos de caracterização física e química do solo e suas interpretações. Desta forma espera-se que o aluno possa caracterizar o ambiente biofísico como subsídio aos próprios estudos e à gestão ambiental. PROGRAMA RESUMIDO TEORIA

1. Solo: definição, formação, componentes e organização;
2. O solo nos grandes domínios morfoclimáticos do Brasil: relação solo/paisagem, classificação e atributos físicos e químicos;
3. Fertilidade do solo e nutrição mineral de plantas;
4. Avaliação da fertilidade e indicadores da qualidade do solo;
5. Ciclos biogeoquímicos em ambientes preservados e degradados. PRÁTICA
6. Levantamento dos indicadores visuais da qualidade do solo, localização de parcelas de trabalho e pontos amostrais na floresta do PEFI;
7. Descrição morfológica de perfis de solo e amostragens para fins pedológicos e de fertilidade do solo em ambiente de Cerrado (Reserva Biológica de Mogi-Guaçu) e de Mata Atlântica (Reserva Biológica de Paranapiacaba e floresta do PEFI);
8. Avaliação das principais propriedades químicas e físicas dos solos e critérios para interpretação dos resultados nas relações solo-planta nos laboratórios do Núcleo de Ecologia. ESTUDOS
9. Levantamento e interpretação dos principais descritores ambientais de áreas com vegetação natural, por meio de pesquisa bibliográfica a ser realizada em publicações disponíveis na Biblioteca do Instituto de Botânica, principalmente, e/ou de interesse do aluno. AVALIAÇÃO Relatório sobre os trabalhos práticos de campo e de laboratório e apresentação dos descritores ambientais de áreas com vegetação natural. BIBLIOGRAFIA BÁSICA

BMA 30 – ESTATÍSTICA MULTIVARIADA: TEÓRICA E PRÁTICA APLICADO A DADOS

BOTÂNICOS

PROFESSOR RESPONSÁVEL

Dr. João Carlos Nabout (Universidade Estadual de Goiás) Carga Horária Teórica (por semana) Prática (por semana) Estudos (por semana) Duração Total Créditos 20h 15h 10h 1 semana 45 horas 3 EMENTA Serão apresentadas as diferentes técnicas multivariadas e os principais objetivos dessas técnicas aplicados aos estudos biológicos/botânicos. Além disso, para cada técnica serão apresentados os recursos computacionais disponíveis (preferencialmente programa R). Serão abordados: Dados multivariados (ou multidimensionais) em biologia/botânica. Representação gráfica de dados multivariados. Regressão múltipla. Correlação paramétrica e não paramétrica. Introdução a álgebra de matrizes. Multinormalidade. Comparação entre dois ou mais conjunto de dados multivariados. Técnicas de classificação. Técnicas de ordenação. Relação entre conjunto de dados multivariados. Aplicações de testes multivariados em estudos botânicos. PROGRAMA RESUMIDO TEÓRICA

1. Dados multivariados. Exemplos de artigos botânicos. Regressão simples e múltipla. Testes de randomização (Monte Carlo). Regressão parcial. Dependência em análises de regressão. Modelos autoregressivos. Duttilleul. Correlação paramétrica e não paramétrica;
2. Álgebra de matrizes (soma, produto, matriz de identidade, autovetor, autovalor e etc). Comparando dois conjuntos de dados multivariados (T2 Hotteling). ANOVA multivariada (MANOVA, PERMANOVA, MRPP, ANOSIM). Multinormalidade (Teste de Doornik e Hansen);
3. Técnicas de classificação (agrupamento). Medidas de distância/similaridade, análises hierárquicas e não-hierárquicas. Aplicações dos testes. Técnicas de ordenação (PCA, PCoA. NMDS, CA);
4. Relação entre conjunto de dados multivariados (Teste de Mantel, Procrustes, Análise de correlação Canônica, Análise de Redundância). Estatística multivariada em análises espaciais (Matrizes espaciais simétricas e assimétricas. Correlogramas, I de Moran, Filtros espaciais). PRÁTICA Aplicações dos testes vistos nas aulas teóricas  R (Introdução)  R  Projetos 65 OBSERVAÇÃO

As estratégias de ensino consistem em aula expositiva teórica com uso de recurso audiovisual. - Aula prática utilizando o programa R. Pré-requisitos: Para o desenvolvimento do curso espera-se que os alunos tenham um conhecimento prévio de: - Probabilidade - Estatística descritiva - Estatística univariada (testes de hipóteses, testes paramétricos e não paramétricos) BIBLIOGRAFIA BÁSICA Gotelli, N.J., Ellison, A.M. A Primer Of Ecological Statistics. Sinauer Associates, 2004. Legendre, P., Legendre, L., Numerical ecology. 3. ed. Amsterdan: Elsevier Science, 2004. Manly, B.F.J. Multivariate Statistical Methods: A Primer.Chapman & Hall/CRC.250p,

Zar, J.H. Biostatistical analysis. New Jersey: Pearson Education, Upper Saddle River,

PROGRAMAS PARA O CURSO: R (http://www.r-project.org/); Os pacotes e exemplos serão disponibilizadas durante as aulas

Glime, J.M. 2007. Bryophyte Ecology. Volume 1. Physiological Ecology. Ebook sponsored by Michigan Technological University and the International Association of Bryologists. accessed on 17-01-2013 at http://www.bryoecol.mtu.edu/. Goffinet, B. & SHAW, A.J. 2009. Bryophyte Biology , 2nd ed. Cambridge University Press, Cambridge: 565 pp. Gradstein, S. & Costa, D.P. 2003. The Hepaticae and Anthocerotae of Brazil. Memoirs of The New York Botanical Garden 87 : 318p. Gradstein, S.R., Churchill, S.P. & Salazar Allen, N. 2001. Guide to the Bryophytes of Tropical America. Memoirs of The New York Botanical Garden 86: 577 pp. Gradstein, S.R., Nadkarni, N.M., Krömer, T., Holz, I. & Nöske, N. 2003. A protocol for rapid and representative sampling of epiphyte diversity of tropical rain forests. Selbyana 24: 87-93. Lücking, A. & Lücking, A. 1996. Foliicolous bryophytes and lichens. Ecotropica 2: 67-71. Newmaster, S.G., Belland, R.J., Arsenault, A., Vitt, D.H. & Stephens, T.R. 2005. The ones we left behind: Comparing plot sampling and floristic habitat sampling for estimating bryophyte diversity. Diversity and Distributions 11: 57-72. Sillett, S.C. & Antoine, M.E. 2004. Lichens and bryophytes in forest canopies. In : Lowman, M.D. & Rinker, H.B. (Eds). Forest canopies , 2nd^ ed. Elsevier Academic Press, New York: 151-174. Smith A.J.E. 1981: Bryophyte Ecology. - Chapman & Hall, London. Vanderpoorten, A. & Goffinet, B. 2009. Introduction to Bryophytes. Cambridge University Press.

BMA 33 – TÉCNICAS NOVAS E TRADICIONAIS EM LABORATÓRIOS DE ANÁLISES DE

SEMENTES

PROFESSORES RESPONSÁVEIS:

Dr. Cláudio José Barbedo, Dra Marina Crestana Guardia e Dra Adriana de Oliveira Fidalgo PROFESSORES COLABORADORES: Nelson Augusto dos Santos Junior, Lilian Maria Asperti, Márcia Regina Oliveira Santos, Cibelle Ferreira Françoso e Camila Pereira Carvalho Carga Horária Teórica (por semana) Prática (por semana) Estudos (por semana) Duração Total Créditos 12h 12h 6h 1 semana 30 horas 2 EMENTA A disciplina objetiva apresentar os fundamentos técnicos e científicos envolvidos na análise de sementes em laboratórios e capacitar os alunos para o uso desses laboratórios, de forma correta e otimizada. Pretende-se abordar os princípios nos quais se baseiam os métodos de diagnóstico de lotes de sementes, bem como as principais técnicas comuns aos laboratórios, tais como amostragem, avaliação do teor de água, análise de pureza, testes de germinação e vigor, mas também técnicas mais avançadas e recentes da análise, tais como sanidade, espectrofotometria, potencial de água e taxas respiratórias. Também pretende apresentar as peculiaridades da análise das sementes florestais tropicais. As aulas teóricas e de estudos contemplam aspectos conceituais e os princípios envolvidos na análise de sementes; as práticas pretendem habilitar os alunos para sua autossuficiência no laboratório. PROGRAMA RESUMIDO O programa abordará os seguintes procedimentos utilizados em Laboratórios de Análise de Sementes:

1. Processos de amostragem, procedimentos de recepção e tratamento de amostras e análise de pureza de lotes;
2. Acurácia e precisão, manutenção e ordem em laboratório de sementes;
3. Análise de teor e potencial de água em sementes e outros diásporos;
4. Testes de germinação clássicos e adaptações para sementes de espécies nativas;
5. Testes de vigor (condutividade elétrica, tetrazólio);
6. Análise de taxas respiratórias e outros processos oxidativos;
7. Análise sanitária de sementes e espectrofotometria.