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´Taller de practica filogenetica, Ejercicios de Biología

Es un taller de practica para filogenetica

Tipo: Ejercicios

2021/2022
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Subido el 29/04/2022

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Nombres: Nicole Gonzalez y Tatiana Amado.
MAPEO GENÉTICO DE RASGOS USANDO SNPs
TALLER
PARTE 1
1. ¿Cuántos genes dan cuenta de la amplia variedad de texturas del pelaje de los perros?
- Hay 3 variedades de texturas del pelaje de los perros
2. Describe con dos o tres oraciones cómo los científicos pudieron identificar estos genes
- Se escanearon SNPs específicos en el genoma de miles de perros de diferentes razas.
- Detectaron que solo tres variantes genéticas daban cuenta dela mayoría de los tipos de
pelaje en perros.
3. En esta lectura, ¿por qué se describen los SNPs como "marcadores genéticos"?
- Un polimorfismo de un solo nucleótido, es una variación en la secuencia del ADN que
ocurre comúnmente en una población. Por ejemplo, un SNP puede reemplazar el
nucleótido de adenina (A) con el nucleótido de citosina C en una porción determinada
del ADN. Los investigadoressaben cuál esla ubicación precisa de este SNP en el
genoma. Una vez que se correlaciona un SNP con un rasgo determinado (es decir, que
ocurre con más frecuencia en individuos con ese rasgo), los investigadores se
concentran en esa región del genoma y la secuencia. En la mayoría de los casos, el
SNP en sí mismo no incide en el rasgo, pero se encuentra cerca de la parte del ADN
que ocasiona el rasgo, de manera que sirve como marcador o indicador de esta
ubicación.
4. ¿Por qué crees que fue importante analizar el ADN de muchos perros en esta investigación?
- Un perro particular tiene muchas variaciones en comparación con cualquier otro
perro.Los investigadores analizan el ADN de muchos perros para encontrar
variaciones comunes en un grupo en comparación con otro. Una variación no es un
marcador útil si solo ocurre en uno o en pocos perros. Los estudiantes también
pueden mencionar que los investigadores deben estudiar muchos perros para
encontrar SNPs asociados a un rasgo y no a otro.
5. ¿Los humanos tenemos SNPs?
- Sí, los tenemos.
6. ¿De qué manera beneficia el proyecto del genoma canino a los humanos?
- El genoma humano es muy similar al genoma canino.
-
PARTE 2
1. Un SNP está 100% correlacionado con el color del pelaje cuando todos los perros de pelo
blanco tienen el mismo nucleótido en esa posición, mientras que todos los perros de pelo negro
tienen un nucleótido distinto en esa misma posición. Si un SNP está 100% correlacionado con
un fenotipo, es posible que el SNP se encuentre dentro del gen responsable del fenotipo, e
incluso que sea la mutación responsable de la diferencia en los rasgos. Haz un círculo
alrededor del o de los SNPs de la Tabla 1 que estén 100% correlacionados con el color del
pelaje.
¿Cuál es o cuáles son los números de los loci de los SNPs 100% correlacionados?
- El número 7
2. En general, cuanto más cercanas físicamente estén dos secuencias de ADN en un
cromosoma, mayor es la probabilidad de que se hereden juntas. Mientras más cerca esté un
SNP a un gen, mayor es la probabilidad de que se herede junto con ese gen. El grado de
correlación entre un SNP y un fenotipo predice cuán próximo se encuentra el SNP a un gen
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¡Descarga ´Taller de practica filogenetica y más Ejercicios en PDF de Biología solo en Docsity!

Nombres: Nicole Gonzalez y Tatiana Amado. MAPEO GENÉTICO DE RASGOS USANDO SNPs TALLER PARTE 1

  1. ¿Cuántos genes dan cuenta de la amplia variedad de texturas del pelaje de los perros?
    • Hay 3 variedades de texturas del pelaje de los perros
  2. Describe con dos o tres oraciones cómo los científicos pudieron identificar estos genes
    • Se escanearon SNPs específicos en el genoma de miles de perros de diferentes razas.
    • Detectaron que solo tres variantes genéticas daban cuenta dela mayoría de los tipos de pelaje en perros.
  3. En esta lectura, ¿por qué se describen los SNPs como "marcadores genéticos"?
    • Un polimorfismo de un solo nucleótido, es una variación en la secuencia del ADN que ocurre comúnmente en una población. Por ejemplo, un SNP puede reemplazar el nucleótido de adenina (A) con el nucleótido de citosina C en una porción determinada del ADN. Los investigadoressaben cuál es la ubicación precisa de este SNP en el genoma. Una vez que se correlaciona un SNP con un rasgo determinado (es decir, que ocurre con más frecuencia en individuos con ese rasgo), los investigadores se concentran en esa región del genoma y la secuencia. En la mayoría de los casos, el SNP en sí mismo no incide en el rasgo, pero se encuentra cerca de la parte del ADN que ocasiona el rasgo, de manera que sirve como marcador o indicador de esta ubicación.
  4. ¿Por qué crees que fue importante analizar el ADN de muchos perros en esta investigación?
    • Un perro particular tiene muchas variaciones en comparación con cualquier otro perro.Los investigadores analizan el ADN de muchos perros para encontrar variaciones comunes en un grupo en comparación con otro. Una variación no es un marcador útil si solo ocurre en uno o en pocos perros. Los estudiantes también pueden mencionar que los investigadores deben estudiar muchos perros para encontrar SNPs asociados a un rasgo y no a otro.
  5. ¿Los humanos tenemos SNPs?
    • Sí, los tenemos.
  6. ¿De qué manera beneficia el proyecto del genoma canino a los humanos?
    • El genoma humano es muy similar al genoma canino.

PARTE 2

  1. Un SNP está 100% correlacionado con el color del pelaje cuando todos los perros de pelo blanco tienen el mismo nucleótido en esa posición, mientras que todos los perros de pelo negro tienen un nucleótido distinto en esa misma posición. Si un SNP está 100% correlacionado con un fenotipo, es posible que el SNP se encuentre dentro del gen responsable del fenotipo, e incluso que sea la mutación responsable de la diferencia en los rasgos. Haz un círculo alrededor del o de los SNPs de la Tabla 1 que estén 100% correlacionados con el color del pelaje. ¿Cuál es o cuáles son los números de los loci de los SNPs 100% correlacionados?
    • El número 7
  2. En general, cuanto más cercanas físicamente estén dos secuencias de ADN en un cromosoma, mayor es la probabilidad de que se hereden juntas. Mientras más cerca esté un SNP a un gen, mayor es la probabilidad de que se herede junto con ese gen. El grado de correlación entre un SNP y un fenotipo predice cuán próximo se encuentra el SNP a un gen

que es responsable de ese fenotipo. Haz un rectángulo alrededor del o de los SNPs de la Tabla 1 que estén "parcialmente correlacionados" con el color del pelaje. ¿Cuál es o cuáles son los números de locus de los SNPs parcialmente correlacionados?

  • Los SNPs parcialmente correlacionados son 3, 13, 14.
  1. Los SNPs no correlacionados ocurren prácticamente con igual frecuencia en los perros de pelaje negro y en los perros de pelaje blanco. ¿Cuál es el número (o los números) de locus de los SNPs no correlacionados?
  2. ¿Cuáles son dos explicaciones posibles de por qué un SNP puede estar correlacionado con un fenotipo como el color del pelaje?
  • Un SNP puede tener correlación con un fenotipo porque i) el locus donde se encuentra el SNP causa ese fenotipo (por ejemplo, el pelo blanco) o ii) porque el SNP está vinculado con (ubicado cerca de) un locus que controla el fenotipo.

PARTE 3

  1. Examina el gráfico. ¿Cuál (o cuáles) SNPs tiene(n) mayor correlación con la longitud del pelo? (Anota el locus o los loci).
  • Cr32 7473337
  1. ¿Cuál (o cuáles) SNPs tiene(n) correlación más débil con la longitud del pelo?
  • Cr32 7420804
  1. Examina el gráfico. ¿Qué SNPs muestra(n) mayor correlación con la textura del pelaje?
  • Cr27 5542806
  1. Si tuvieras que buscar un gen involucrado en la longitud del pelo, ¿en qué región del genoma enfocarías tu análisis? ¿Y en el caso de un gen relacionado con la textura del pelo?
  • Buscaría un gen involucrado en el largo del pelo en el cromosoma 32 en algún punto cerca del nucleótido 7473337. En el caso del gen relacionado con la textura del pelo buscarían en el cromosoma 27 cerca del nucleótido 5542806. PARTE 4 .
  1. Valores esperados para el locus más correlacionado con el largo del pelaje: Locus de SNP: Cr32 7473337 Cantidad total de alelos G = 9 Cantidad esperada de alelos G = 4. Cantidad total de alelos T = 15 Cantidad esperada de alelos T = 7.
  2. Ahora, completa la tabla para el SNP de mayor correlación con el largo del pelaje. ALELO PELO CORTO OBSERVADO

PELO LARGO

OBSERVADO

ESPERADO

G 9 0 4.

T 3 12 7.