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Orientación Universidad
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Bioinformatica bioquimica, Apuntes de Bioquímica

Información básica sobre informática

Tipo: Apuntes

2019/2020

Subido el 28/01/2020

karla-l-romero
karla-l-romero 🇲🇽

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PRACTICA 2. BIOINFORMÁTICA
I. Introducción
Investigue un artículo científico publicado en revistas indexadas, sobre un tema de interés
II. Método
En la siguiente sección se encontrarán una serie de instrucciones que se deben contestar de acuerdo a la
guía de su instructor.
III. Actividad 1.
Búsqueda de Literatura
En la siguiente actividad se realizará búsqueda de literatura científica disponible en la base de datos de NCBI
1.Ingresar a la página principal de NCBI : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.
2. Hacer click en la pestaña llamada “PUBMED”.
3. Se debe hacer una búsqueda específica sobre el tema de interés. En este caso se hará una búsqueda de
EXTRACCION DE DNA HUMANO
4. ¿Qué palabras claves usarías para encontrar la información pertinente?
______________________________________________________
5. De un artículo con mayor relación con el tema de interés, responder:
a. Título: ________________________________________________
b. Autores: _______________________________________________
c. Revista: _______________________________________________
d. Año: __________________________________________________
e. Título: _______________________________________________
Salir de PUBMED.
ACTIVIDAD 2. Búsqueda de Homología en Genomas
Muchas bases de datos contienen información útil para cuando se harán investigaciones con genética o
biología molecular. La siguiente herramienta permitirá la búsqueda de información disponible sobre
genomas de organismos que han sido secuenciados hasta la fecha.
1.Regresar a la página principal de NCBI.
2. Ingresar a la pestaña “Genomes and Maps”.
3. Hacer click en el vínculo “Genome”. En este recurso se podrá encontrar información sobre genomas
completos incluyendo secuencias, mapas, cromosomas y anotaciones.
4. En la barra de búsqueda ingresa la palabra
EUKARYOTA. Es de recordar que la barra de búsqueda solamente funcionará con los idiomas inglés y latín.
5.¿Cuántos proyectos se encontraron? ___________________________________
6. De los organismos que se encontrar y considere importantes:
a. Nombre: ___________________________________________________
b. Importancia: ________________________________________________
c. Reino y Subgrupo: ___________________________________________
d. Secuenciación: ______________________________________________
e. Cromosomas y organelos: _____________________________________
7. Hacer click en Saccaromyces cerevisiae.
8. A continuación, se podrá observar la información disponible del organismo.
9. Del organismo:
a. Nombre: ___________________________________________________
b. Importancia: ________________________________________________
c. Número de cromosomas: ______ Tamaño del Genoma______ MB.
d. Linaje (Lineage): ______________________________________________________
10. Ahora entrar al cromosoma número 1. En esta página encontraras la información de los genes que se
encontrarán dentro el cromosoma.
11. Hacer click en “Download/View Sequence/Evidence” y luego “Display”. Se
observará la secuencia de nucleótidos que componen el cromosoma.
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PRACTICA 2. BIOINFORMÁTICA

I. Introducción Investigue un artículo científico publicado en revistas indexadas, sobre un tema de interés II. Método En la siguiente sección se encontrarán una serie de instrucciones que se deben contestar de acuerdo a la guía de su instructor. III. Actividad 1. Búsqueda de Literatura En la siguiente actividad se realizará búsqueda de literatura científica disponible en la base de datos de NCBI 1.Ingresar a la página principal de NCBI : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.

  1. Hacer click en la pestaña llamada “PUBMED”.
  2. Se debe hacer una búsqueda específica sobre el tema de interés. En este caso se hará una búsqueda de EXTRACCION DE DNA HUMANO
  3. ¿Qué palabras claves usarías para encontrar la información pertinente?

  1. De un artículo con mayor relación con el tema de interés, responder: a. Título: ________________________________________________ b. Autores: _______________________________________________ c. Revista: _______________________________________________ d. Año: __________________________________________________ e. Título: _______________________________________________ Salir de PUBMED. ACTIVIDAD 2. Búsqueda de Homología en Genomas Muchas bases de datos contienen información útil para cuando se harán investigaciones con genética o biología molecular. La siguiente herramienta permitirá la búsqueda de información disponible sobre genomas de organismos que han sido secuenciados hasta la fecha. 1.Regresar a la página principal de NCBI.
  2. Ingresar a la pestaña “Genomes and Maps”.
    1. Hacer click en el vínculo “Genome”. En este recurso se podrá encontrar información sobre genomas completos incluyendo secuencias, mapas, cromosomas y anotaciones.
  3. En la barra de búsqueda ingresa la palabra EUKARYOTA. Es de recordar que la barra de búsqueda solamente funcionará con los idiomas inglés y latín. 5.¿Cuántos proyectos se encontraron? ___________________________________
  4. De los organismos que se encontrar y considere importantes: a. Nombre: ___________________________________________________ b. Importancia: ________________________________________________ c. Reino y Subgrupo: ___________________________________________ d. Secuenciación: ______________________________________________ e. Cromosomas y organelos: _____________________________________
  5. Hacer click en Saccaromyces cerevisiae.
    1. A continuación, se podrá observar la información disponible del organismo.
  6. Del organismo: a. Nombre: ___________________________________________________ b. Importancia: ________________________________________________ c. Número de cromosomas: ______ Tamaño del Genoma______ MB. d. Linaje (Lineage): ______________________________________________________
  7. Ahora entrar al cromosoma número 1. En esta página encontraras la información de los genes que se encontrarán dentro el cromosoma.
    1. Hacer click en “Download/View Sequence/Evidence” y luego “Display”. Se observará la secuencia de nucleótidos que componen el cromosoma.

a. ¿Cuántos nucleótidos los componen? _____________________ 12.Salir de Genome. ACTIVIDAD 3. Búsqueda de secuencias de nucleótidos utilizando Basic Local Alignment Search Tool. 1.- En la página principal de NCBI, hacer click en la pestaña de BLAST. En esta página se pueden encontrar las diferentes herramientas disponibles para hacer búsquedas. Se puede buscar a través de alineamiento de nucleótidos, de proteínas, insertando nucleótidos para encontrar proteínas y viceversa. También se puede descargar aplicaciones para utilizar fuera de línea.

  1. Hacer click en “Nucleotide BLAST”.
  2. Introducir la siguiente secuencia en formato FASTA, en el recuadro titulado “Enter accession number, gi, FASTA sequence”: CACCTGAACAGTGCGGGCTTTTTTTTCGACCAGAGATCACGAGGTAACAACCATGCGAGTGTTGA
  3. En la línea de “DATABASE” seleccionar “Others”.
  4. Hacer click en el cuadro “Show results in a new window”.
  5. Se mostrarán los resultados en varios formatos. El primer formato es la disposición de la secuencia en barras de diferentes colores. Más abajo se mostrará la información de cada secuencia encontrada.
  6. Hacer click en la primera barra azul. Esto llevará a la secuencia que tiene mayor número de coincidencias. Escriba los siguientes datos: Nombre de la secuencia encontrada: ______________________________ Nombre del organismo que pertenece la secuencia: __________________ Número de pares de bases de la secuencia: _________________________ Número de identidades que presenta la secuencia: ___________________ Número de gaps presentes en la secuencia (Sí los hubiere): _______________________ En el espacio escriba la secuencia buscada (Query) junto con la secuencia encontrada (Subject) tal como aparece en la pantalla. Nombre del estudio en que secuenciada la secuencia:

  1. De las bases de datos revisadas: A) ¿Qué herramienta utilizaría para buscar bibliografía sobre Apis mellifera? B) ¿Dónde buscaríamos cuantos cromosomas tiene? CUESTIONARIO 1.- ¿Qué es bioinformática, y cuál es su importancia para la genética y biología molecular?
  2. ¿Cuál es la importancia del Proyecto Genoma Humano y qué relación tiene con la bioinformática?
  3. Describa un tema de investigación relacionado a su área de estudio, en el cual se puedan utilizar herramientas bioinformáticas
  4. ¿En qué año fue fundado el National Center for Biotecnology Information y con qué propósito?
  5. ¿Qué son bases de datos biológicas, cuántas aproximadamente podemos encontrar en línea?