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Introducción a la Bioinformática y análisis de secuencias, Apuntes de Biología
Conceptos de bioinformática y análisis de secuencias, incluyendo la automatización y reducción de errores en el análisis de datos biológicos. También se aborda la homología y similitud de secuencias, así como la determinación de homología. Se mencionan herramientas informáticas y tecnologías utilizadas en el análisis de secuencias.
Tipo: Apuntes
2022/2023
1 / 18
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2 :^ PARCIAL
- (^) Determinación de
homologic
· ¿ Como saber si 2 secuencias son
homólogas
· ¿ Cuánto se considera
que hay similitud^ para^ determino^ homologia?
·
Apoyo con^ probabilidad^ y^ estadística
e.
La puntuación del^ alineamiento, de^ acuerdo^ a las^ matrices^ de^ substitución.
Si hay una alta puntuación , podemos asumir que hay homología, aunque nunca sea el
100 % · (^) ¿ (^) luánto (^) es el % (^) minimo de (^) identidad
para definir^ si^ hay homologic "
El 25-30 % de similitud marca el límite entre lo que se considera homólogo y lo
que no
Mostrar (^) alta similitud al (^) azar (definir (^) alineamientos muestran alta similitud al (^) azar (^) y cuales no · (^) z-score : considera la (^) o de la (^) puntuación de alineamientos (^) de (^) secuencias al (^) azar
de la^ misma longitud de^ las secuencias problema.
se obtiene de la comparación -^2 secuencias (problema us. base de^ datos
obtengo o^
- (^) > de todas (^) las sewencias se obtiene (^) puntuación y z-score (^).
z(s) =
· p-value : (^) se refiere a la
probabilidad de^ que dos^ secuencias^ aleatorias^ tengan una^ similitud
major
o igual al alineamiento^ problema.
depende de^ la^ probabilidad
- (^) e-value : (^) número
esperado de^ secuencias^ aleatorias,^ cuyo alineamiento^ de^ valores^ de
similitud
mayores o^ iguales^ que^
el alineamiento problema.
no
hay homología^ ,^ solo^ son^ similares
(^) Consideraciones 1. (^) Z-score solo (^) es (^) aplicable (^) bajo condiciones de normalidad.
- e-value tiene (^) un intervalo (^) amplio. Se (^) debe (^) aproximar a 0.
3. e-value involucra tanto^ # de secuencias alineadas, como la longitud.
- (^) Todos los score requieren de^ los^ valores^ de^ la^ matriz^ de^ sustitución.
5. El e-value es el mejor indicador para identificar
homólogos
.
¿Cuál^ es el limite de corte del e-value para decir que
hay o^ no^ homologia^
?
p1 0.^001 => homología (urcano^ al^ cerol
a
mayor longitud^
de
fragmento,menor^ prob
. de alineamiento al azar
sobre el^ umbral^ (30%^ ) =^ probablemente es homólogo.
Depende de^ la
bajo el^ umbral^ (30%^ )^ =^ probablemente^ se^ alinearon^ al^ azar. long. del^ frag
(^) Alineamiento · secuencias (^) completas : alineamiento
global (Needle^ ,^ Strecker^ (
·
Fragmentos
: (^) clineamiento Local (^) : (^) búsqueda de dominios
-Needle : EMBOSS-EMBnet , Algoritmo Needleman-Wunsch , muchos recursos
(^) Strecher (^) : (^) EMBOSS-EMBnet, Algoritmo N-W^ modificado^ ,^ menos^ recursos