Download Tuyển tập câu hỏi ôn thi thực tập Sinh học phân tử and more Quizzes Molecular biology in PDF only on Docsity!
CÂU HỎI TT SHPT
BÀI 1:
1. Which of the following principles is correct when preparing the chemical solutions used for molecular biology: Always prepare with autoclaved double-distilled water 2. Calculate the amount (g) of tribase (MW = 121 g/mol) and EDTA (MW = 336.2 g/mol) required to prepare 1 L of 50 X TAE (2M Tris base, 0.05 M EDTA, 57 mL/L acid acetic)
- What is the concentration of NaCl (%, w/v) in 0.01 L solution containing 0.9 NaCl? - > 9%
BÀI 2:
**1. Which of the following statements are TRUE when describing the role of dyes in loading dye buffer in gel electrophoresis (in this lab works)
** Make the color visual mobile during electrophoresis running & Make the visual for nucleic acid after electrophoresis
- Which reagents can be used to lyse cell membranes? A. SDS B. Guanidine thiocyanate C. Tripton X D. EDTA E. NaCl
- Which reagents can be used to remove phenol pH 8 contamination in the DNA isolation protocol? A. Phenol pH 4 B. 70 % Ethanol C. DEPC treated water or 1X TE D. Chloroform
- Which reagents can be used to precipitate the nucleic acid? A. 70% ethanol B. Isopropanol C. DEPC treated water D. 1X TE
- A student isolates gDNA from a human blood sample. To detect the presence of contaminant protein and other nucleic acids (if have), which of the following methods should students utilize, respectively? A. Gel electrophoresis and OD280 measurement B. OD280 measurement and gel electrophoresis C. Gel electrophoresis and OD260/280 measurement D. OD260/280 measurement and Gel electrophoresis
- Can the nucleic acid isolation using phenol:chloroform protocol apply to isolation total RNA? please provide an explanation? Phenol-chloroform based RNA extraction relies on the use of acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform to promote phase separation of biological mixtures and subsequent selective isolation of molecules of interest. Phenol/chloroform extraction is a common technique used to separate and purify DNA, RNA, and protein from a biological specimen, such as a virus preparation. It involves the differential partitioning of DNA/protein and RNA into organic and aqueous phases, respectively. 9. Explain the role of Guanidine thiocyanate in RNA isolation protocol based on guanidinium thiocyanate, one of the most effective protein denaturants able to efficiently denature endogenous ribonucleases^2. That method is very effective for separating undegraded RNA from DNA, but requires long hours of ultracentrifugation through a Cesium Chloride CsCl cushion Guanidinium thiocyanate is also used to lyse cells and virus particles in RNA and DNA extractions, where its function, in addition to its lysing action, is to prevent activity of RNase enzymes and DNase enzymes by denaturing them. These enzymes would otherwise damage the extract. BÀI 3: 1.Which part (s) of nucleic acids strongly absorb UV light with wavelengths of 260 nm? Purine base + Pyrimidine base
2. A student dissolves gDNA in DEPC-treated distilled water. Which solution should be used in the blank for measuring OD values? DEPC-treated distilled water 3. Which of the following conversion factors for measuring concentration of RNA by Spectrophotometry? A. 50 ng/uL B. 40 ng/uL C. 20 ng/mL D. 50 ng/mL E. 40 ng/mL 4. Which of the following factors does not affect the mobility of DNA/RNA in gel electrophoresis? A. the electric field (volts per meter, V/m) B. The dyes in loading buffer C. the DNA/RNA dissolving buffer D. The negative charge of DNA/RNA 5. The OD values at 260 nm and 280 nm of an RNA sample are 0.693 and 0.417, respectively. The electrophoresis of this sample is shown in the below picture (L, HidIII DNA ladder; B,RNA sample). What is the quality and concentration of the RNA sample?
BÀI 4:
1. Which of the following PCR components define the region of the DNA that will be amplified? A. Mg++ B. dNTPs C. Taq DNA polymerase **D. Primers
- What is the purpose of negative control in PCR?** Check the foreign DNA contamination of template or PCR reagents 3. Which of the following factors can cause the “primer-dimer” formation in a PCR? A. The redundant primers in a PCR B. The hybridization between the forward and reverse-primers C. The overreaction of DNA polymerase in a PCR D. The shortage primers in a PCR 4. Which cycle of PCR will produce double strand target DNA : 3 + 4
BÀI 5:
1.A student set up a ligation reaction with a total volume of 40 μL. Which of the following is the maximum volume (μL) of ligase that can be used? (multiple). A. 4 B. < C. 10 D. 2
2. A student needs to remove contaminated DNA from 50μL of the extracted RNA. Which of the following is the maximum volume (μL) of DNase that can be used? (multiple). A. 5. B. 5 C. <
Tại sao thêm cold absolute ethanol dô step 15/DNA isolation to ỉmpove nucleic acid precipitation yield. 70% ethanol (step 17/DNA isolation) hòa tan muối còn sót lại + wash DNA pellet TE1X (step 19/DNA isolation) Đảm bảo điều kiện về mặt pH, bảo vệ DNA khỏi bị phân huỷ bởi enzyme DNase, ức chế hoạt động của DNase. silica mini-column nucleic acid có thể liên kết với pha rắn (silica hoặc pha khác ) tuỳ thuộc vào độ pH và nồng độ muối của dung dịch đệm. còn có tác dụng trong RNA isolation: giữ RNA vì bề mặt tích điện + - > kết hợp vs điện âm photphase of RNA DEPC (step 16/RNA isolation) vì DEPC có khả năng biến tính pro (enzyme) - > bảo quản RNA, giảm nguy cơ RNA bị phân hủy = RNase, duy trì sự ổn định của RNA tốt hơn một vài chất buffer điển hình Ethidium bromide, eco dye,... stain nucleic acid. positive control (PCR) xđ sự hiện diện VK, và đảm bảo hóa chất trong quy trình PCR để loại bỏ trường hợp âm tính giả negative control (PCR) xđ sản phẩm có sạch khum, phát hiện foreign DNA để tránh bị nhiễm chéo 1)Có mấy cách để phá vỡ màng tế bào (cell lysis) (Có nhiều cách để phá vỡ màng tế bào như phá vỡ cấu trúc phospholipid, làm biến tính protein, làm đông và phá vỡ màng tế bào, hoặc sử dụng sóng siêu âm để giúp tách các thành phần trong màng). There are many ways to disrupt the cell membrane such as disrupting the phospholipid structure, denaturing proteins, freezing, and breaking the cell membrane, or using ultrasound to help separate the components in the membrane. 2) Các chất biến tính protein (denaturation of protein): Guanidine thiocyanate, Guanidine hydrochloride, phenol: chloroform, chloroform. 3) Các chất ly giải màng tế bào: Triton X100, SDS, Guanidine thiocyanate, Guanidine hydrochloride, phenol: chloroform, chloroform. 4) Các chất tạo tủa (precipitation): Ethanol, isopropanol. In addition, the ratio to the sample is: ethanol: sample (2:1), isopropanol: sample (1:1). 5)Chức năng của phenol: chloroform trong phân lập DNA (Function of phenol chloroform in DNA isolation) (Trong quy trình phân lập DNA, phenol chloroform sẽ làm biến tính protein làm cho protein từ trạng thái hòa tan trong dung dịch thành trạng thái không hòa tan (bị kết tủa). Sau khi ly tâm, phenol chloroform cũng không tan trong nước cho nên hai pha trong mẫu ống nghiệm sẽ được tạo thành bao gồm pha dưới là pha phenol chloroform chứa protein và contaminants, pha trên là pha nước chứa thành phần tan trong nước bao gồm nucleic acid. Ngoài ra phenol: chloroform cũng có thể được sử dụng như là chất biến tính protein và phá vỡ màng tế bào). In the DNA isolation process, phenol: chloroform will denature proteins, causing the protein to change from a soluble state in solution to an insoluble state (precipitate). After centrifugation, phenol: chloroform is also insoluble in water, so two phases in the test tube will be formed, including a lower phase of phenol: chloroform containing proteins and contaminants, and an aqueous phase containing water-soluble components including nucleic acids. In addition, phenol: chloroform can also be used as a protein denaturing and cell membrane disruption. 6)Tại sao không dùng riêng phenol mà phải thêm chloroform với tỉ lệ phenol: chloroform = 1: 1? (Why not use phenol alone, but must add chloroform with the ratio phenol: chromoform = 1:1?) Phenol has a greater ability to denature proteins than Chloroform. Chloroform absorbs Phenol during centrifugation to avoid mixing of Phenol into the aqueous phase (completely removing traces of Phenol). 7) Chức năng của EDTA trong phân lập nucleic acid:
(Khi nucleic acid được giải phóng, chúng cần được bảo vệ vì dung dịch sau giải phóng không chỉ chứa DNA mà còn chứa các enzyme phân giải DNA (DNase). Do đó, EDTA được sử dụng như chất ức chế các enzyme DNase hoạt động để bảo vệ DNA. Nguyên tắc hoạt động là EDTA sẽ bắt giữ ion 2+, mà ion 2+ là tác nhân đồng hoạt động với enzyme DNase do đó việc bắt giữ ion 2+ đồng nghĩa với việc ức chế hoạt động của enzyme Dnase). When nucleic acids are released, they need to be protected because the solution after release contains not only DNA but also DNA degrading enzymes (DNase). Therefore, EDTA is used as an inhibitor of active DNase enzymes to protect DNA. The principle of operation is that EDTA will capture 2+^ ions, and 2+^ ions are co-active agents with DNase enzyme, so capturing 2+^ ions mean inhibiting DNase enzyme activity. 8)Chức năng của Guanidine thiocyanate trong phân lập nucleic acid (Guanidine thiocyanate sẽ làm biến tính enzyme RNAse, một chất phân hủy RNA. Ngoài ra, Guanidine thiocyanat còn được dùng làm chất biến tính protein và ly giải màng tế bào). Guanidine thiocyanate will denature the enzyme RNAse which is an RNA-degrading agent. In addition, Guanidine thiocyanate is also used as a protein denaturant and cell membrane lysis. 9) Chức năng của cột silica trong phân lập RNA: (Bởi vì cột silica tích điện dương, nucleic acid tích điện âm nên cột silica có khả năng hấp phụ nucleic acid khiến chúng bám trên bề mặt của cột silica). Because the silica column is positively charged, and the nucleic acid is negatively charged, the silica column has the ability to adsorb nucleic acids, causing them to adhere to the surface of the silica column. 10)Tại sao sau khi thu được ADN, ADN lại bị tái hòa tan bởi TE (gồm Tris-HCl và EDTA) (Why after DNA is obtained, DNA is redissolved by TE (including tris-HCl and EDTA) ) (Tris-HCl được sử dụng để hòa tan DNA đã tách chiết để đảm bảo điều kiện pH. Ngoài ra, sau khi thu được DNA, DNA cũng có thể bị nhiễm DNase là enzyme phân hủy DNA, vì vậy EDTA được sử dụng để bảo vệ DNA tốt hơn bằng cách ức chế hoạt động của enzyme DNase.) Tris-HCl is used to dissolve the extracted DNA to ensure the pH condition. In addition, after DNA is obtained, DNA can also be contaminated with DNase which is the DNA-degrading enzyme, so EDTA is used to better protect DNA by inhibiting DNase enzyme activity. 11) Tại sao lại sử dụng ethanol 70% để loại bỏ muối mà không dùng nước luôn (Nếu chỉ dùng nước để loại bỏ muối thì nước sẽ hòa tan axit nucleic, vì vậy nếu sử dụng 70% etanol nghĩa là lượng muối dư sẽ hòa tan trong 30% nước và tránh hòa tan axit nucleic.) If only water is used to remove salts, water will dissolve nucleic acids, so using 70% ethanol means the excess salts dissolve in the 30% of water and avoid dissolving nucleic acids as well. 12) Chức năng của NaCl (Natri clorua giúp loại bỏ các protein liên kết với DNA. Nó cũng giúp giữ cho các protein hòa tan trong lớp nước để chúng không kết tủa trong rượu cùng với DNA.) Sodium chloride helps to remove proteins that are bound to the DNA. It also helps to keep the proteins dissolved in the aqueous layer, so they do not precipitate in the alcohol along with the DNA. 13) Chức năng của Ethanol 70% (Ethanol 70% được sử dụng để rửa muối còn lẫn trong DNA.) 70% ethanol was used to wash the salts still confused in the DNA. 14) Chức năng của Ethanol tuyệt đối (Ethanol tuyệt đối được dùng để kết tủa nucleic acid.) Absolute ethanol is used to precipitate nucleic acids. 15) Chức năng của Isopropanol (Vì axit nucleic không hòa tan trong isopropanol nên isopropanol giúp kết tủa axit nucleic.) Since nucleic acids are insoluble in isopropanol, isopropanol helps precipitate nucleic acids. 16) Tại sao chúng ta thường sử dụng ethanol 100% (ethanol tuyệt đối) trước, sau đó mới dùng ethanol 70% trong chiết xuất DNA? (Why do we usually use 100% ethanol (absolute ethanol) first, then 70% ethanol in DNA extraction?) (Vì DNA không tan trong cồn (Ethanol và Isopropanol) nên người ta dùng cồn 100% để kết tủa trước, sau đó người ta thu được một lượng DNA tốt. Sau đó, rửa bằng cồn 70% là để loại bỏ lượng muối dư thừa (có thể có trong dung dịch đệm chiết) có nghĩa là lượng muối dư sẽ hòa tan trong 30% nước. Nếu người ta sử dụng 70% hoặc 80% cồn để kết tủa, thì DNA cô lập sẽ hòa tan trong nước.) Because DNA is insoluble in alcohols (Ethanol and Isopropanol), people use 100% alcohol to precipitate first, and after that people get a good amount of DNA. Then, washing with 70% alcohol is to remove the excess of salts (that might have come along with the extraction buffers)
cut fragments as well as the same band as in lane 2 because of the uncut fragments. In most laboratory-run gel electrophoresis experiments, another step must be taken in order to visualize the bands on the gel.
